mNGS在检测耶氏肺孢子菌感染中的应用

导读

耶氏肺孢子菌可以通过空气传播并在肺内繁殖，对于免疫功能低下的宿主，尤其一些HIV感染者、造血干细胞和实体器官移植受者，极易受到耶氏肺孢子菌的感染。临床上的传统诊断主要为镜检染色，对于一些体内肺孢子菌的负荷量较少的肺孢子菌肺炎（PCP）患者，临床阳性诊断率很低。

随着宏基因组二代测序技术（mNGS）的兴起，明显提高了临床对于肺孢子菌肺炎的诊断水平， 苏州大学附属儿童医院的一个急性淋巴细胞白血病患者，通过使用迪飞医学的mNGS产品迪感康™检测，诊断出肺部感染的菌群-耶氏肺孢子菌，通过治疗达到好转出院。

病史简介

女性，14岁7个月，2019-07-30入院，发热、咳嗽三天伴呼吸困难。

现病史： 2019-7-28血常规检查发现白细胞、血红蛋白和中性粒细胞显著上升，胸部CT显示两肺感染，骨髓涂片有核细胞增生低下，予抗感染治疗及支持治疗，患者胸闷较前加重，脉氧85%左右，送至苏大附属儿童医院进一步治疗。

既往史： 2019-04-30，患急性淋巴细胞白血病，进行Hyper-CVAD方案化疗，后因“肺部感染延迟化疗”。

入院查体

1. 体格检查 ：T38.0℃，颈部淋巴结稍肿大，咽红，呼吸急促，可及吸气性三凹征，双肺呼吸音粗，可及散在湿罗音；

2. 实验室检查 ：炎症标记物：CRP：253.79mg/L；外周血检测：多次双侧血培养（-），呼吸道病原抗体（-），EBV+CMV（-），MP-IgG(+），IgM(-)，GM试验（-），G试验（-）；

3. 痰及肺泡灌洗液 ：病毒全套（-），鼻病毒、偏肺病毒（-）MP+CP（-），TB（-），CMV（-），多次痰培养阴性，后培养出假单胞菌（2+）；

4. 胸片 ：床边胸片提示两肺弥漫团片影，考虑感染；

5. mNGS检查

2019-07-31，外周血、肺泡灌洗液行mNGS检测：外周血-耶氏肺孢子菌4775条序列数，肺泡灌洗液-耶氏肺孢子菌8029条序列数。

图 mNGS检测结果

临床治疗

入院后，病情告急，进行呼吸支持和抗感染治疗，经验性治疗：利奈唑胺、亚胺培南、卡泊芬净、预防性SMZ进行联合抗感染治疗。 2019-08-03 根据mNGS结果调整用药，将预防量SMZ改为治疗量SMZ。

1. 体温及治疗经过

2. 胸片变化

在8月3号胸片检测中，两肺弥漫团片影较之前相仿，右侧出现少量胸腔积液。

在8月6号胸片检测中，经过PCP治疗后，两肺透亮度较前略改善。

在8月9号胸片检测中，两肺弥漫团片影较前略吸收。

在8月13号胸片检测中，两肺弥漫团片影较前部分吸收。

3. HRCT

2019-08-16进行了CT检查：胸部CT平扫+CT成像，两侧胸廓对称，两侧肺门不大，两侧胸膜腔未见积液影。

4.转归

2019-08-13，患者拔管并撤呼吸机

2019-08-16，两侧胸膜腔积液消失，病情转好

2019-08-19，患者好转出院

总结

HIV感染者、造血干细胞和实体器官移植受者，由于免疫功能低下，极易受到耶氏肺孢子菌的感染，临床传统镜检染色灵敏度低，对于体内肺孢子菌的负荷量较少患者常会出现假阴性，宏基因组二代测序技术（mNGS）的应用，提高了临床对于耶氏肺孢子菌的诊断，mNGS技术可以帮助多样本识别多种病原体，尤其是对于临床常出现的混合感染的患者诊断是非常有意义的。

mNGS作为一种新的不依赖培养的方法，显示了快速、敏感和准确的病原体鉴定能力，这项技术为临床医生制定精准的治疗方案提供了强有力的支持。相信在不久的将来，mNGS将越来越广泛地应用于临床，使更多的医生和患者受益。迪飞医学迪感康️™采用自主研发HUGO去人源宿主核酸技术，实现病原微生物的富集，同时优化核酸提取技术，进一步提升病原微生物检测结果的敏感性和准确性。

参考文献

1. Stern A, Green H, Paul M, et al. Prophylaxis for Pneumocystis pneumonia (PCP) in non-HIV immunocompromised patients. Cochrane Database Syst Rev 2014.

2. Miao Q, et al. Microbiological Diagnostic Performance of Metagenomic Next-generation Sequencing When Applied to Clinical Practice. Clin Infect Dis. 2018 Nov 13;67: S231-S240.

3. Yi, Zhang, Jing-Wen, et al. A cluster of cases of pneumocystis pneumonia identified by shotgun metagenomics approach.[J]. The Journal of infection, 2018.